3 февраля 2000 г. президент РБ М. Рахимов подписал Указ "Об образовании Комиссии по разработке предложений по согласованию конституционного и текущего законодательства Республики Башкортостан и Российской Федерации". В Комиссию, которую возглавил председатель Государственного Собрания РБ В. Толкачев, вошли государственный секретарь РБ, премьер-министр РБ, руководители министерств и ведомств, главы администраций наиболее крупных городов республики, а также ученые-юристы, экономисты и политологи.

Комиссия создана, как отмечается в Указе, с целью обеспечения общности правового пространства Российской Федерации, полной и согласованной реализации положений Конституции Российской Федерации и Конституции Республики Башкортостан в соответствии с Договором "О разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти Республики Башкортостан".

Указ президента РБ обязывает Кабинет Министров республики, министерства и ведомства, а также органы местного государственного управления в месячный срок подготовить и внести на рассмотрение Комиссии предложения по согласованию нормативных правовых актов Республики Башкортостан с федеральными актами. Сама же Комиссия в двухмесячный срок со дня издания Указа должна представить в Государственное Собрание РБ предложения по внесению изменений и дополнений в акты конституционного и текущего законодательства республики, а также провести анализ федеральных законов, принятых в нарушение статьи 76 Конституции РФ по вопросам, входящим в компетенцию субъектов Российской Федерации. На основе этих предложений Государственному Собранию РБ Указом президента поручается обратиться в порядке законодательной инициативы в Государственную Думу Федерального Собрания РФ с соответствующими проектами федеральных законов.

На Комиссию возлагается также обязанность разработки механизма использования согласительных процедур для разрешения споров между органами государственной власти Российской Федерации и органами государственной власти Республики Башкортостан в сфере федерального и республиканского законодательства и практики его применения.

В течение двухмесячной (февраль-март) работы Комиссии только в республиканской Конституции было выявлено 69 случаев несоответствия с Конституцией РФ, а также 11 случаев противоречий внутри самого Основного Закона РБ. Наибольшее же количество несоответствий с федеральными правовыми актами Комиссия обнаружила в республиканских законах, регулирующих хозяйственные и финансовые отношения, приватизацию и собственность, а также определяющих государственное управление и местное самоуправление.

Таким образом, руководство Башкирии первым из субъектов федерации откликнулось на требование исполняющего обязанности президента РФ В. Путина привести местные законы в соответствие с федеральными. Однако, как отметил государственный секретарь РБ И. Адигамов на одном из заседаний Комиссии, речь не идет о кардинальном изменении принципов взаимоотношений с федеральным центром и автоматической замене регионального законодательства федеральным. Комиссия уже сейчас начинает параллельно с корректировкой своих законов готовить встречные предложения к федеральным органам власти о внесении изменений в федеральные законы, в т. ч. и в Конституцию России. Например, президент РБ М. Рахимов по-прежнему настаивает, что Россия должна пойти по пути Германии и США, где субъекты федерации имеют свою судебную систему.